無塵車間空調通風系統不但要滿足空調系統本身的任務，帶走余熱、余濕，補給車間所需熱量、濕度量，來維持無塵車間的設計溫度、濕度。還要滿足車間的潔凈登記，及車間的含塵、含菌濃度的控制。還要補充足夠量的清潔空氣來稀釋車間含有的有害物質的濃度，來控制車間空氣的有害物濃度。

要使無塵車間的空氣品質有保障，才能符合衛生標準，空調必須供給無塵車間充足的室外新鮮空氣。根據工藝要求，通過送、回、排風量的不同匹配，以維持車間相對于室外或鄰室，或走道一定的正壓值或負壓值。以控制相鄰空間氣流或污染物的流向。

無塵車間空調還需要采取局部排風或隔離等措施，來防止生產工藝產生的大量余熱、余濕、粉塵污染等有害物質在車間內擴散，建議設置必要的分離、收集裝置，既防止由車間排出去的有害物質污染大氣，又可回收部分排風帶走的可利用藥塵。從而達到對應的效果。